El lanzamiento de la Estrategia nanoBasque viene impulsado por la creación de una agencia dinamizadora y de soporte para el despliegue de la misma, la Agencia nanoBasque.
La Agencia nanoBasque, creada específicamente para coordinar y gestionar el despliegue armónico de la Estrategia es, básicamente, un agente facilitador y dinamizador del ecosistema vasco de la nanotecnología, especialmente orientado hacia las empresas. La Agencia nanoBasque se configura como una entidad sin personalidad jurídica propia perteneciente a la SPRI y ubicada en el edificio sede de nanoGUNE. La Agencia cuenta con el apoyo decidido de diversos programas del sistema vasco de innovación, así como los instrumentos existentes en el sistema, y asumirá las funciones de movilización de la empresa vasca, de articulación de una Comunidad de Conocimiento en nanociencias y de la socialización del valor de la nanociencia y las micro y nanotecnologías.